Salim bin Abdullah bin Umar narrated : from his father, that when the Messenger of Allah (ﷺ) would hear the sound of thunder and lightning bolts, he would say: “O Allah, do not kill us with Your wrath, and do not destroy us with Your punishment, and pardon us before that (Allāhumma lā taqtulnā bi-ghaḍabika wa lā tuhliknā bi-`adhābika wa `āfinā qabla dhālik).”
Source: sunnah.com
Other translations
Arabic
حَدَّثَنَا قُتَيْبَةُ، حَدَّثَنَا عَبْدُ الْوَاحِدِ بْنُ زِيَادٍ، عَنِ الْحَجَّاجِ بْنِ أَرْطَاةَ، عَنْ أَبِي مَطَرٍ، عَنْ سَالِمِ بْنِ عَبْدِ اللَّهِ بْنِ عُمَرَ، عَنْ أَبِيهِ، أَنَّ رَسُولَ اللَّهِ صلى الله عليه وسلم كَانَ إِذَا سَمِعَ صَوْتَ الرَّعْدِ وَالصَّوَاعِقِ قَالَ " اللَّهُمَّ لاَ تَقْتُلْنَا بِغَضَبِكَ وَلاَ تُهْلِكْنَا بِعَذَابِكَ وَعَافِنَا قَبْلَ ذَلِكَ " . قَالَ هَذَا حَدِيثٌ غَرِيبٌ لاَ نَعْرِفُهُ إِلاَّ مِنْ هَذَا الْوَجْهِ .
sunnah.com